Ben descubre que los acontecimientos no contados a partir del pasado están afectando el presente. Puede jugar como Ben de 16 años o Ben de 11 años y el trabajo con su nuevo compañero llamado Rook para detener los malvados planes de Malware en una historia épica que abarca dos períodos de tiempo, acceso a 13 héroes alienígenas, incluyendo nuevos como Bloxx, Feedback y Gravattack, y lucha en 11 niveles llenos de acción en toda la ciudad subterránea alienígena de Pueblo Bajo, la calles de Bellwood y la nueva base de los Plomeros debajo de la tienda del Abuelo.