omenzando después del final del primero. El juego se centra en 2 monjes Shaolin: Liu Kang y Kung Lao, en sus aventuras por los reinos en un intento de detener los planes de Shang Tsung de dominar el reino de la Tierra.

Shaolin Monks ofrece tres modos principales de juego. Aparte de un modo sólo-jugador, tiene un modo cooperativo, donde dos jugadores pueden trabajar juntos a través del juego, con el acceso a algunas áreas y artículos que son inaccesibles en modo de un sólo-jugador. Hay también otro modo, donde dos jugadores pueden luchar cara a cara en algunas de los escenarios ofrecidos en el juego.

Además de Liu Kang y de Kung Lao, el juego ofrece otros personajes de la serie Mortal Kombat. Están allí para ayudar a los personajes principales Raiden, Johnny Cage, Sonya Blade, Jax Briggs y Sub-Zero; mientras, otros sirven como los jefes del juego: Kitana, Mileena, Jade, Reptile, Baraka, Goro, Scorpion y Kano. Algunos de estos se pueden desbloquear para convertirse en personajes seleccionables en los distintos modos del juego.